1. Да, аппаратное ускорение сделано через CUDA. CUDA отдельно качать не надо при использовании последних версий драйверов GeForce.
2. Да, можно указать конкретную видеокарту для физики, но не в SLI режиме, читайте Programming Guide, глава 3.2. Но в Windows Vista к указанной карте должен быть подключен монитор (скоро ограничение уберут, смельчаки могут попробовать новую бета-версию CUDA). В режиме SLI физика, вероятно, считается только на первой карте тандема (мастер-карте).
3. Нет, прибавки производительности/качества в нынешних играх не ждите. Производительность скорее убавится, а качество ищите с микроскопом (взрывы, водопады, отлетающие в мир иной враги).
4. Нет, 3D Mark 2006 не использует аппаратное ускорение в тесте CPU. Там используется Software библиотека. Вот Vantage - использует.

Как понять, насколько видеокарта "потянет" физику?

Факт первый - для CUDA вычислительные ресурсы графического процессора выделяются т.н. мультипроцессорами. Один мультипроцессор содержит 8 универсальных шейдерных процессоров. Минимальная ставка, таким образом, 8 шейдерных процессоров, независимо от того, насколько мала "физическая" нагрузка. Таким образом, включая PhysX для видеокарты вроде GeForce 8400 и запуская игру с поддержкой, из 16 процессоров половина сразу кладется на алтарь ускорения физики и для графики остается только 8. По некоторым прикидкам, для соответствия производительности расчета физики оригинальному AGEIA PPU, в зависимости от уровня compute capability (см. ниже), требуется использовать два-три мультипроцессора (16-24 шейдерных). В свете этого нет никакого смысла включать PhysX для карты низшего и среднего диапазона, где и для графики шейдерной мощности не хватает. Это же останавливает внедрение PhysX в гейминдустрии - рассчитывая на минимальные конфигурации, выбор между ухудшением графики с ускорением физики или графикой поприличнее с расчетом физики на CPU очевиден.

Факт второй - для CUDA критичны объем и полоса пропускания видеопамяти. Видимо из-за этого минимальным объемом для включения PhysX установлено 256 Мб (оригинальные карты на базе AGEIA PPU имели 128 Мб выделенной памяти). Имеет смысл посмотреть загрузку видеопамяти выбранной игрой с помощью RivaTuner для оценки доступности памяти для физических вычислений. Для расчетов физики нужна большая полоса пропускания к памяти, CUDA также очень любит гонять память большими кусками. У карт на базе AGEIA PPU полоса пропускания к памяти составляла 23 Гб/с, для сравнения, карты 8600 GT имеют полосу пропускания видеопамяти 22 Гб/с для всего (графики и физики). Для интегрированных решений PhysX станет последним гвоздем в крышку гроба.

Факт третий - графические процессоры NVIDIA разных лет выпуска имеют различные способности по неграфическим вычислениям. Называется это compute capability, уровни имеют вид 1.Х. Чем выше уровень, тем больше выход флопсов и потоков на мультипроцессор и еще кой-какие преимущества добавляются. Описания уровней смотрите в вышеупомянутом Programming Guide который можно найти на сайте nzone.com/object/nzone_physxgames_home.html, быстренько посмотреть поддерживаемый процессором уровень можно в сравнительных таблицах видеокарт которых можно найти --> nvidia.com/object/cuda_learn_products.html.

Вывод: про карты низшего уровня и интегрированные решения лучше забыть вообще, карта среднего уровня сгодится лишь как dedicated для физики, на старых топах на базе G80 физика отъест больше шейдерных процессоров.